La idea es que no pongas ningun FK, solo claves primarias y una vez que ya estan todas creadas, añades las claves ajenas (FK)
Si no recuerdo mal la sintaxis es esta:
Código:
ALTER TABLE nombreTabla ADD CONSTRAINT nombreRestricción FOREIGN KEY columna1,... REFERENCES columnaReferenciada
Creo que falta algun parentesis pero en esencia es eso.
Te dejo un enlace a la definición del ALTER TABLE de mysql
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/alter-table.html