Podés hacer que el primero del día borre el archivo...
Código PHP:
<?php
$Fich = "ip.txt";
$userIp = $_SERVER["REMOTE_ADDR"];
$truncate = date('Ymd') != date('Ymd',filemtime($Fich));
$fh = fopen($Fich, 'a') or die("Error!!");
if ($truncate) ftruncate($fh,0);
fwrite($fh, $userIp . "\n");
fclose($fh);
$ips = file($Fich);
$count = 0;
foreach ( $ips as $ip )
{
if ( substr($ip, 0, -1) == $userIp )
$count++;
}
if ( $count == 3 )
print 'Hola';