Hola jumasol,
Te comentaré lo que yo opino, creo que la mejor opción es que coloques cada categoría del directorio en una carpeta diferente, por ejemplo:
www.web.com/alojamiento/ www.web.com/humor/ www.web.com/politica/
Y así sucesivamente, de esta manera estás dando importancia a cada una de ellas. También es vital que el dominio contenga alguna palabra relacionada con "Directorio", esa parte sería muy interesante.
De todas maneras hay algunas cosas a matizar, por ejemplo que Google aconseja que cada página no supere los 100 links para no ser considerada una "granja de enlaces".
Me imagino que lo que Pablisho intenta explicarte es que si el directorio es un "añadido" al resto de secciones de tu página, la mejor opción es que la separes del resto con un subdominio del estilo directorio.web.com, así aíslas el PageRank saliente por los enlaces y la página principal no se ve afectada en absoluto.
Me voy a permitir darte un consejo para rentabilizar tu directorio si este comienza a hacerse más o menos famoso y es que añadas la etiqueta "nofollow" en los enlaces subscritores y permitas que se elimine mediante el envío de un SMS, sinceramente Yo mismo he visto sistemas así y alguna vez he enviado dicho mensaje porque el directorio merecía la pena.
Bueno, espero que te sirvan mis consejos.
Un saludo.