1.- Separa en 2 tablas, los que vas a INSERTAR y los que vas a ACTUALIZAR
2.- Para la inserccion, ya lo tienes resuelto
3.- Para la actualizacion, prueba este codigo con una tabla ejemplo:
Cita: UPDATE tutabla
SET tucol1 = CASE WHEN a.tucol1 <> x.tucol1 then x.tucol1 else tucol1 END
SET tucol2 = CASE WHEN a.tucol2 <> x.tucol2 then x.tucol2 else tucol2 END
SET tucol3 = CASE WHEN a.tucol3 <> x.tucol3 then x.tucol3 else tucol3 END
FROM tutabla a JOIN tutemporal x on a.id = x.id
Dime si ste funciona.