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Iniciado por Ayesha 
¡Hola!
He modificado los parámetros según me indican y he reiniciado el servidor; sin embargo, en la cola de procesos veo todavía en la columna "Time" tiempos superiores a los 100 segundos y no lo entiendo, porque se supone que las variables del php.ini y el my.cnf controlarían eso.
Mis tablas más usadas tienen 8000 y 30000 registros aproximadamente y funcionaban sin problemas hace algunos días. La verdad no sé a qué se debe la lentitud que tienen ahora.
He activado logs para poder monitorar lo que pasa, pero agradeceré cualquier ayuda.
Es muy probable entonces que el nodo de tu VPS esté saturado por demasiado tráfico de I/O.
Recuerda que despues de los cambios tienes que reinicializar el apache y el mysql.
Has comprobado si te pasa lo mismo en la noche?