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Iniciado por WebTech 
Como bien dijo Stormy...Tal vez alguien sepa darte más detalles sobre porque unos son más baratos que otro, nosotros siempre hemos trabajado bajo sistemas Linux y BSD, por lo que sería imposible aconsejarte más.
Aparte de las licencias, que por cierto no todas las de linux son gratuitas, (por ejemplo nosotros usamos RHE) lo fundamental es la diferencia de rendimiento en los servidores, un server en windows necesita muchos más requerimientos de memoria y procesador para menos sitios alojados.