Hola Noelin,
me tomé la libertad de reescribir tu función
Código PHP:
<?php
function timediff($hora,$hora1){
return date('H:i:s',mktime(0,0,strtotime($hora1) - strtotime($hora)));
}
echo timediff('20:00:01','20:01:00');
?>
El problema está cuando usás el timestamp, por eso usé mktime pasando 0 horas, 0 minutos y la cantidad de segundos como tercer parámetro...
otra cosa, en vez de hacer esos explodes usé strtotime que me parece más sencilla =)