Personalmente yo no lo deshabilito por lo que mencionas de que no se puede navegar casi en ningun sitio, pero yo creo que como todo en la web, esto de no tener JavaScript va a estar de moda dentro de poco -realmente espero estar equivocado- precisamente por la famosa moda de los estándares y el uso correcto de todo, va ser casi obligatorio el uso del tag noscript....pero bueno, es sólo mi opinión, luego me dicen "contreras"
Saludos