Para escribir comillas dobles dentro de comillas dobles se debe usar \" en las comillas internas...
Código PHP:
fputs ($archivo, "<?xml version="1.0\" encoding=\"utf-8\"?>");
o tambien prueba poner comillas simples en vez de las dobles o sea algo asi como:
Código PHP:
fputs ($archivo, "<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>");