DETENER un solo frame y que los otros sigan su curso

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Cada MovieClip tiene su propia linea de tiempo y trabaja en forma independiente a las demas, a su vez, piensa en la primera que ves en flash, eso es el Stage o _root, es la linea principal, si en ella pones un stop(), los otros Movies que ese encuentran en esta linea, internamente, seguiran su animacion, salvo que todavia no hayan aparecido.
Entonces, como decia edward_the_great, si quieres hacer que dos animaciones vayan haciendo cosas diferentes las tienes que separar en dos Movies distintos.