Bueno, esto no anda mucho por el lado de PHP. La idea es usar el evento onload de JavaScript para cambiar el "display" de un DIV que inicialmente está oculto y diseñar a ese DIV con CSS de manera que se vea como una ventana. Te recomiendo darte una vuelta por el foro de JavaScript donde tu duda va a encajar mejor. De todas formas te dejo un ejemplo con las cosas que debes utilizar:
Código PHP:
<!-- La capa tarda 3 segs. en mostrarse luego de finalizar la carga simplemente para poder visualizar el efecto -->
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<title>Documento sin título</title>
<script type="text/javascript">
window.onload=function() { setTimeout("mostrarCapa()", 3000); }
function mostrarCapa()
{
document.getElementById("oculta").style.display="block";
}
</script>
<style type="text/css">
#oculta { display:none; background-color:#FFFF00; width:400px; height:400px; margin:auto; }
</style>
</head>
<body>
<div id="oculta">
Contenido de tu capa oculta
</div>
</body>
</html>
Saludos.