Que onda chavo!!!
Tienes razón en los end if que van en el código, lo único que tienes que hacer es borrarlos; por lo de los indices que estan fuera del rango no se por ke te manda eso; recuerda que debes declarar e inicializar aIndex; de ahi en fuera no deberias tener ningun problema...
Si se te complica mucho esta función hay otra opción de llenado (recuerda que la función llena de golpe el arbol (tree) por que emplea recursividad); pero si quieres traer los nodos hijos del padre cada que des un clic sobre el nodo seleccionado, lo unico que harias sería indicarle en el evento AfterSelect (despues de la seleccion) que haga la consulta en la bd y que traiga los hijos del nodo padre que seleccionaste... Mas o menos asi
Código:
Private Sub mytree_AfterSelect(ByVal sender As Object, ByVal e As System.Windows.Forms.TreeViewEventArgs) Handles mytree.AfterSelect
query = " select * from tabla where nodo_padre = " & mytree.SelectedNode.Tag
'haces un for para recorrer todos los nodos
tree.SelectedNode.Nodes.Add(oNode)
End Sub