Hola.
Al vuelo, sin probar el codigo, creo que es un error en la escritura, cambia la linea :
echo "<td><a href="consulta.php?opt=<?= $REGISTRO['ID_SECRETARIA']; ?>">"$secretaria "</a></td>"
por
echo "<td><a href="consulta.php?opt=".$REGISTRO['ID_SECRETARIA'].">".$secretaria. "</a></td>"
Es sin probarlo, pero usas <? ... ?> dentro de un bloque php, por eso tal vez no te funcione.
Un saludo.