Que problema tienes, solo es cuestion de meterlo en un echo, o print y escapar las comillas:
Código PHP:
$id = $valor['id'];
echo "<a href=\"#\" onClick=\"window.open('../../../admin/pop.php?&id=$id','_blank','resizable=yes,width=640,height=480');\"><b>".$valor['nombre']."</b><br> </a>";
Saludos.