En realidad, estas usando un video muy grande para lo que normalmente se maneja, no importa si lo ahces de 320x240, la información sigue ahí :P
Es totalmente normal que tarde tanto si trabajas así directo, lo normal es usar proxy's... Por ejemplo, comprime el video que estas usando a unos 352x240, es decir, crea una copia del original de un tamaño mucho menor, ese lo agrandas y realizas la composición con efectos y demás, trabajas con el a muy buena velocidad, y mala calidad por el momento, luego reemplazas ese video pequeño por el original.
After Effects puede hacer todo esto, desde recomprimir el video y usarlo como proxy o simplemente aceptar desde archivo el video de baja calidad.
Sobre el clip de video en la ventana proyecto, dale clic con el botón derecho y selecciona crear proxy (create proxy) y abrirá el render queue ahí lo puedes configurar para que lo exporte en menor calidad, o si prefieres usar otro convertidor más rápido, igual botón derecho sobre el clip de video y selecciona set proxy, te pedirá la dirección del clip que va a reemplazar y lo mostrará, a un costado del archivo tendrás un conmutador entre el proxy y el original, siempre que hagas algo al clip proxy se reflejará en el clip original, pero trabajarás más fácilmente.
