Hola a todos,
 
Ya esta solucionado. Este es el codigo:  
 Código PHP:
    <? 
mysql_connect("localhost","usuario","contraseña"); 
mysql_select_db("Datuak3"); 
 
for ($i=1;$i<=1500;$i++){     
      //para cada uno de los elementos que puede haber en el formulario  
      if (isset($_POST["IdKontsulta" . $i])){         
         //es que este registro estaba en el formulario  
         $id = $_POST["IdKontsulta" . $i];  
         $Data = $_POST["KontsultaData" . $i]; 
         $KontsulEra = $_POST["IdKontsultaEra" . $i];  
         $Gaia = $_POST["Gaia" . $i]; 
 
         $ssql = "Update Kontsultak set KontsultaData='$Data', IdKontsultaEra='$KontsulEra', Gaia='$Gaia' where IdKontsulta=$id";  
  
         $Eje = mysql_query($ssql) or die (mysql_error()); 
          
      }  
    } 
 
 
$maxRows_Kontsultak = 1;
$pageNum_Kontsultak = 0;
if (isset($_GET['pageNum_Kontsultak'])) {
  $pageNum_Kontsultak = $_GET['pageNum_Kontsultak'];
}
$startRow_Kontsultak = $pageNum_Kontsultak * $maxRows_Kontsultak;
 
$query_Kontsultak = "select * from Kontsultak";
$query_limit_Kontsultak = sprintf("%s LIMIT %d, %d", $query_Kontsultak, $startRow_Kontsultak, $maxRows_Kontsultak);
$Kontsultak = mysql_query($query_limit_Kontsultak, $Datuak3) or die(mysql_error());
 
 
if (isset($_GET['totalRows_Kontsultak'])) {
  $totalRows_Kontsultak = $_GET['totalRows_Kontsultak'];
} else {
  $all_Kontsultak = mysql_query($query_Kontsultak);
  $totalRows_Kontsultak = mysql_num_rows($all_Kontsultak);
}
$totalPages_Kontsultak = ceil($totalRows_Kontsultak/$maxRows_Kontsultak)-1;
 
$queryString_Kontsultak = "";
if (!empty($_SERVER['QUERY_STRING'])) {
  $params = explode("&", $_SERVER['QUERY_STRING']);
  $newParams = array();
  foreach ($params as $param) {
    if (stristr($param, "pageNum_Kontsultak") == false && 
        stristr($param, "totalRows_Kontsultak") == false) {
      array_push($newParams, $param);
    }
  }
  if (count($newParams) != 0) {
    $queryString_Kontsultak = "&" . htmlentities(implode("&", $newParams));
  }
}
$queryString_Kontsultak = sprintf("&totalRows_Kontsultak=%d%s", $totalRows_Kontsultak, $queryString_Kontsultak);
 
      $query_KonEra = "select * from KontsultaEra"; 
      $KonEra = mysql_query($query_KonEra); 
      $row_KonEra = mysql_fetch_array($KonEra); 
 
    
      echo "<table width=651 border=1 align=left>"; 
      echo "<tr align=center valign=baseline>"; 
      echo "<td width=143 nowrap><u><strong>IdKontsulta</strong></u></td>"; 
      echo "<td width=160><u><strong>Kontsulta Data</strong></u></td>"; 
      echo "<td width=160><u><strong>Kontsulta Era</strong></u></td> ";
      echo "<td width=160><u><strong>Gaia</strong></u></td>";
      echo "</tr>"; 
 
      $i=1; 
      while ($row_Kontsultak=mysql_fetch_array($Kontsultak)){  
         
        echo "<td valign=top><input type=text name='IdKontsulta$i' value='" . $row_Kontsultak['IdKontsulta'] . "' /></td>";
        echo "<td valign=top><input type=text name='KontsultaData$i' value='" . $row_Kontsultak['KontsultaData'] . "' /></td>"; 
        echo "<td valign=top><select name='IdKontsultaEra$i'>"; 
            
        do {   
      ?>
  <option value="<?php echo $row_KonEra['IdKontsultaEra']?>"<?php if (!(strcmp($row_KonEra['IdKontsultaEra'], $row_Kontsultak['IdKontsultaEra']))) {echo "selected=\"selected\"";} ?>><?php echo $row_KonEra['KontsultaEra']?></option>
    <?php 
        } while ($row_KonEra = mysql_fetch_assoc($KonEra)); 
        $rows = mysql_num_rows($KonEra); 
        if($rows > 0) { 
            mysql_data_seek($KonEra, 0); 
        $row_KonEra = mysql_fetch_assoc($KonEra); 
        } 
 
         echo "</select>"; 
         echo "</td>"; 
         echo "<td><textarea name='Gaia$i' cols=60 rows=15 >" . $row_Kontsultak['Gaia'] . "</textarea></td>"; 
         echo "</tr>"; 
        
   
   $i++; 
   } 
   ?>  
  </table> 
 <p> </p>
  <p> </p>
  <p>
    <input type="hidden" name="IdKontsulta" value="<?php echo $row_Kontsultak['IdKontsulta']; ?>" />
    <input name="NAN2" type="hidden" value="<?php echo $row_Kontsultak['NAN']; ?>" />
    
  </p>
  <p> </p>
  <p> </p>
  <p> </p>
  <p> </p>
  <p> </p>
  <p> </p>
  <p align="right">
    <input name="submit" type="submit" class="big" value="Aktualizatu" />
  </p>
</form>
<p> </p>
  <p> </p>
<table border="0" width="50%" align="left">
  <tr>
    <td width="23%" align="center"><?php if ($pageNum_Kontsultak > 0) { // Show if not first page ?>
          <a href="<?php printf("%s?pageNum_Kontsultak=%d%s", $currentPage, 0, $queryString_Kontsultak); ?>"><img src="First.gif" border=0></a>
          <?php } // Show if not first page ?>
    </td>
    <td width="31%" align="center"><?php if ($pageNum_Kontsultak > 0) { // Show if not first page ?>
          <a href="<?php printf("%s?pageNum_Kontsultak=%d%s", $currentPage, max(0, $pageNum_Kontsultak - 1), $queryString_Kontsultak); ?>"><img src="Previous.gif" border=0></a>
          <?php } // Show if not first page ?>
    </td>
    <td width="23%" align="center"><?php if ($pageNum_Kontsultak < $totalPages_Kontsultak) { // Show if not last page ?>
          <a href="<?php printf("%s?pageNum_Kontsultak=%d%s", $currentPage, min($totalPages_Kontsultak, $pageNum_Kontsultak + 1), $queryString_Kontsultak); ?>"><img src="Next.gif" border=0></a>
          <?php } // Show if not last page ?>
    </td>
    <td width="23%" align="center"><?php if ($pageNum_Kontsultak < $totalPages_Kontsultak) { // Show if not last page ?>
          <a href="<?php printf("%s?pageNum_Kontsultak=%d%s", $currentPage, $totalPages_Kontsultak, $queryString_Kontsultak); ?>"><img src="Last.gif" border=0></a>
          <?php } // Aparece si no es la ultima pagina ?>
    </td>
  </tr>
</table>  <p>   
  Con esto consigo que los registros de la consulta me salgan de uno en uno y se puedan controlar con un juego de registros y se puedan actualizar a la vez. 
Gracias por vuestro interes