bueno, justo hace unos dias estuve leyendo acerca de estos sistemas y si, InnoDB resulto ser "mejor" en el sentido de que tiene la opcion de usar integridad referencial y ademas en los articulos que lei (documentacion oficial) decia que los sitios grandes como Yahoo y otros que no recuerdo ahora, que tienen entrada de informacion de unos cuantos cientos por segundo, pues trabajan con InnoDB, no creo que sea una balanza equilibrada, lo que pasa que en mi caso particular, nunca he tenido que hacer algo tan complicado, me he ido por usar MyISAM por el hecho de hacer buscadores realmente faciles y sencillos, el dia que se me complique el juego, entonces tendre que usar InnoDB y vermelas cara a cara con un buscador, asi lo veo yo, tambien es mi humilde opinion.
seria genial tener ambas opciones en un mismo motor, verdad???