Se supone que el php tiene en su configuracion un tiempo maximo de ejecucion.
Si un script se demora lo mismo o mas tiempo, lo bota y tira el error a la pantalla.
Me parece que las DB son demasiado grandes o que la conexion entre tu php y ellas son muy lentas, ya sea por acceso o porque es odbc.
Creo que la solucion pasaria por decirle a tu cliente que hay que cambiarse por un tema de optimizacion. Si el quiere pasarse mas de 5 minutos por ejecutar un script en vez de demorarse quizas 1... vas a tener que aumentar el script time y ponerle a tu php esta linea:
Código PHP:
error_reporting(E_ALL^E_NOTICE);
Suerte! (y dile al cliente que no sea tan pahero y se aprenda los sql!) xD