Con la de "zip package" podras instalar PHP como modulo de PHP .. ademas trae un buen monton de extensiones que sino ahora .. en un futuro te harán falta (como .. las GD, IMAP .. etc).
La otra lo dice todo en el nombre "installer" .. en ese caso dejaria PHP como CGI solo .. es la opcion tipica para instalarlo bajo PWS, IIS ....
Un saludo,
pd: te doy otro dato .. www.php.net/manual/es
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