Lo solucioné, y por si a alguien le sirve, posteo el codigo..
Código PHP:
<?php
include("conexion.php");
$usuario = $_SESSION["s_login"]; //contiene el id de usuario
$curso = $_SESSION["s_curso"]; //contiene el curso al que pertenece el usuario
$consulta = mysql_query("select id_asignatura,nombre_asign from asignaturas where nombre_curso = '$curso'");
?>
<table summary="Documentos">
<caption>Notas</caption>
<thead>
<tr>
<th scope="col">Asignaturas:</th>
<th scope="col">N1</th> //puse un máximo de 9 notas
<th scope="col">N2</th>
<th scope="col">N3</th>
<th scope="col">N4</th>
<th scope="col">N5</th>
<th scope="col">N6</th>
<th scope="col">N7</th>
<th scope="col">N8</th>
<th scope="col">N9</th>
<th scope="col">Promedio</th> //para el promedio de cada asignatura
</tr>
</thead>
<tbody>
<?php
while ($row = mysql_fetch_array($consulta)){
$i = 0;
$total = 0;
echo "<tr>";
echo "<th scope=\"row\">".$row['nombre_asign']."</th>";
$asignatura = $row['id_asignatura'];
$consulta2= mysql_query("select valor_nota from obtiene_notas where id_asignatura = '$asignatura'");
while ($row2 = mysql_fetch_array($consulta2)){
echo "<td>".$row2['valor_nota']."</td>";
$i = $i+1; //cuenta el numero de notas de cada asignatura
$total = $total+$row2['valor_nota']; //suma las notas
}
$j = $i+1;
while ($j<10){ //esto es para rellenar las columnas que queden vacias y pintar el promedio donde corresponde
$j++;
echo "<td></td>";
}
if ($i>0){ //para evitar la division por 0
$promedio = $total/$i; //se saca promedio
echo "<td>".number_format($promedio,1,',','.')."</td>"; //promedio con 1 decimal
}
echo "</tr>";
}
?>
<tfoot>
<tr>
<th scope="row"></th>
<td colspan="4">td>
</tr>
</tfoot>
</tbody>
</table>
Acá una foto de como lista los datos:
Cálculo 1 no tiene calificaciones aún, y como pueden ver cada asignatura tiene un número distinto de calificaciones
Ahora les queria preguntar si habia una solución mas elegante que utilizando 2 querys, con un join alomejor, pero la verdad de join no conosco mucho... me gustaria que me dieran su opinion sobre lo correcto y optimo del codigo.... saludos y gracias