pon esto antes de empezar:
Código PHP:
ini_set('max_execution_time',300)
Esto te ejecutará el script durante 5 minutos. No pongas más de 300, porque entonces el servidor cerrará la conexión y no recibirás nada por el navegador. Incluso pon 299 mejor...
Si quisieras pausar el script y volver a hacer una llamada para seguir ejecutándolo, tendrías que combinarlo con javascript.