no es tan complicado.
 
tienes que separar la frase ej:
$palabras = explode(' ',$frase); 
y luego guardar en la base de datos si la palabra ya esta, incrementas el valor de veces que se ha buscado  
 Código PHP:
    foreach($palabras as $p){
   $query = mysql_query("SELECT * FROM palabras WHERE palabra='$p'");
   if(mysql_num_rows($query)>0){
      // Aumentas su valor
   } else {
      // Insertas la palabra en la BD
   }
} 
    
  EDIT: recuerda filtrar la palabra antes de guardarla