Mmm... si fue despues de la instalacion de joomla podemos intuir que se debe a esto...
Pero dudo que tengas un respaldo de tu instalacion o el phpinfo del anterior para poder revisar si el joomla cambio algo.
Revisa si en las directivas de php.ini hay algo que puedas cambiar para el tratamiento de los caracteres en las paginas interpretadas.
Suerte
