usa mejor el date_format de mysql
Código:
SELECT idempleado, nombre, date_format(fecha,'%d-%m-%Y') as fecha, puntos FROM empleados
eso si, siempre y cuando tu campo fecha sea de tipo 'fecha' (date,timestamp,etc..).
ahora que también tienes la opcion de php
Código PHP:
$fecha = implode('-',array_reverse(explode('-',$row["fecha"])));
saludos.