Para controlar el puerto paralelo del server, si es posible hacerlo con exec, pero tu programa necesita aceptar parámetros desde la linea de comandos, por ejemplo:
Código PHP:
exec("paralelo.exe write 3");
Así aunque no haya gui tu programa puede ejecutar y actuar con el puerto paralelo.
Otra interfaz que puedes utilizar es usar COM (si estas corriendo Apache bajo Windows) para accesar a tu programa y enviarle comandos.
Saludos.