Pero las hojas de estilo trabajan a nivel del cliente, no del servidor. Por lo tanto no tiene nada que ver una cosa con la otra. Imagino que tus módulos en index.php los llamas algo asi como:
http://www.misitio.com/index.php?modulo=loquesea
Ahora, como index.php esta en el directorio base, se supone que tus css tambien lo estan. No deberia darte problemas. Tienes que examinar el código HTM que te genera el archivo index.php sólo y cuando cargas algún módulo, y comparar para ver que diferencias hay que te puedan estar causando el problema...
Un saludo,
