Compatibilidad IE y FF

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Yo también he sufrido los problemas de compatibilidad entre IE y FF. Efectivamente, hay cosas que ambos navegadores interpretan de forma distinta, en general porque IE supone cosas que no tienen porqué ser así y FF se limita a representar lo que se le dice, sin añadir nada más.
Desde mi punto de vista y mi corta experiencia te diría que uses CSS pero para fijar la altura de los divs, por ejemplo (que es lo que he hecho yo al final para que la longitud sea igual en ambos navegadores).