Está claro que el sector del disco que tienes dañado se encuentra entre los cluster donde se ha escrito algún archivo de sistema. Y cuando el S.O. accede a él .....plasss, peta.
Utiliza una herramienta de análisis de disco duro fuera de Windows, o sea, algo así como un CD de arranque con utilidades varias. P.e.:
EmergencyBootCD, entre otros.