<!--[if !IE]> ... <!--<![endif]-->

[AlvaroG]

Solo IE reconoce los comentarios condicionales. Y esperemos que siga siendo así, no sea cosa que mañana a FF se le ocurra interpretarlos y por tanto quitarles toda su utilidad.
Para un programa que respete la normativa HTML, no son más que comentarios, contengan lo que contengan.

La manera más correcta de usarlos es crear una hoja de estilos para los navegadores que cumplen correctamente con lo que se les indica, y luego corregir los puntos conflictivos (¡no declarar toda una hoja de estilos nueva!) con comentarios condicionales para el IE.


Saludos.