debes ponerle algun atributoal flash ya sea opaque o el que me gusta a mi transparent de esta forma
Código:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="65" height="60">
<param name="movie" value="pelicula.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="wmode" value="transparent">
<param name="menu" value="false">
<embed src="pelicula.swf" quality="high" menu="false" wmode="transparent" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="65" height="60"></embed></object>
si te fijas agrege un param tipo wmode con value transparent y en el embed lo añado, lo mismo agrege otro param extra que pone menu = "false" lo cual quita el molesto contenido de flash :P espero te sirva solo debes cambiar el ancho y alto de tu falsh y el src="" por tu path, bueno con esto el efecto del litebox pasa sobre el flash que es lo que deseas :D
saludos