La diferencia es sutil pero visible
En este código:
Código:
<!--[if !IE]--><link href="betadir-not_ie.css" rel="stylesheet" type="text/css"><!--[endif]-->
La parte de <link.... está FUERA del comentario, las partes de [if !IE] cierran el comentario con el correspondiente -->
Sin embargo, en un comentario condicional "real", el comentario abarca todo el código, porque en
Código:
<!--[if !IE ]> <div id='left'> <!--<![endif]-->
toda esta parte
Código:
[if !IE ]> <div id='left'> <!--<![endif]
es un comentario, de acuerdo con la especificación HTML.
Saludos.