Si vas a guardar los documentos tal cual los mandas entonces puedes en binarios en la Base de Datos o en archivos como dices. Si es en archivos y están todos en la misma carpera tendrás que hacer un campo con un índice único con el nombre del documento, y al mostrarlos mejor que guardar la ruta completa es añadirsela al enlace.
Código PHP:
$documentos = array('documento.doc', 'documento.pdf');
$documentos_carpeta = '/documentos/';
foreach ($documentos as $documento)
{
echo '<a href="'.$documentos_carpeta.$documento.'">'.$documento.'</a><br />';
}