cPanel ha cambiado la forma en que configura las cuentas en Apache, y provoca ese efecto. Antes ponía:
ServerAlias principal.com
ServerName
www.principal.com
Ahora pone:
ServerAlias
www.principal.com
ServerName principal.com
No tengo claro si es un bug, si lo han vuelto a cambiar o si sólo afecta a ciertas versiones de cPanel, todos sabemos cómo es cPanel. Pero me suena que en tu caso en esto.
¿Soluciones?
1.-Darle la vuelta en el httpd.conf
2.-Poner
www.principal.com/carpeta/, con la barra al final, así no cambia.
Cosas de cPanel...