Tienes problemas en la administración de color. Utilizando el Adobe Bridge sincronizas espacios y perfiles en toda la suite Adobe que tengas instalada para el momento.
Debes convertir todas las imágenes a CMYK. Enviarlas en RGB es un error grave, puesto que el color negro ocupa los espacios faltantes, resultando en cambios inesperados en las imágenes. El comportamiento varía según cada una.
Cita: ¿al exportarlo a pdf se convierten las imágenes en cmyk?
Házlo desde Photoshop.