cambio total en la web y posicionamiento en los buscadores

[aloqui]

El método que te he comentado no es una redirección en realidad. Es únicamente el modo en que le indicas a tu servidor Apache que es lo que tiene que hacer al recibir determinadas URLs.
Todo el mundo va a ver tus páginas .html sin saber como se estan construyendo (y además a nadie le importa). En el futuro , por ejemplo puedes cambiar de PHP a PERL y nadie se enteraría.

Como te he dicho los .html los puedes borrar en cuanto no los necesites.
Los visitantes seguiran usando la URL de los mismos y el contenido que rebiban será generado por tus scripts .php
Para ellos deberás mantener SIEMPRE las "rewrite rule" del fichro .htaccess

En mi opinión de cara a estar bien posicionado en los buscadores es mejor que los ficheros que vean tus visitantes sean con URL sin parámetros, es decir, similares a: yoursite.com/categoria/keywords-de-la-pagina.html
en lugar de que sean URLs con parámetros, es decir similares a : yoursite.com/page.php?categ=value1&page=value2
Por ejemplo, Google tiende a indexar las URLs con parámetros en su "Supplementary Index"

No te recomiendo las redirecciones 301, pues hacen que los buscadores cambien su URL antigua por la URL nueva.
En tu caso cambiarian de la URL .html a la URL .php (con parámetros) por lo que saldrías perjudicado en los rankings del buscador.