Simplemente quita los metatags de tu index.php, y en cada módulo haces un echo con los metatags que le corresponda. La forma en la que piensas hacerlo también es muy válida. Pero piensa que vas a incluir un montón de datos en una sola variable.
Esto de incluir muchas líneas en una sola variable se te hace más fácil con
HEREDOC (Me autopromociono 
Un saludo,
