Bueno .. ya te respondio el amigo epplestun en el otro mensaje tuyo .. todo eso viene a raiz de queres usar PHP-GTK como si fuera una aplicacion WEB
PHP-gtk puede convivir con PHP "web" .. tan solo comparten el "php.ini" (ya dice la ducumentacion que si ya usabas PHP "web" no lo tocaras ..) pero eso si, instalalo en otro directorio y llamalo desde el phpgtkwin o algo asi .. o mejor desde una ventana DOS ..
Un saludo,