Cita: pero no se bien en que carpeta debo alojar la base de datos mysql
Es lo mismo que en local. Tu la base de datos la tienes que manejar como manejas en local. Yo siempre uso phpmyadmin, aunque a lo mejor tu host usa su propia aplicación para manjear bases de datos. Sino, subete phpmyadmin a tu dominio, y con eso podrás manejar la base de datos.
En cuanto al ruteo, pues depende de tu servidor. Si erstá en local, pues será lo mismo que lo que tu tienes para localhost. Y si lo tienen en una ip diferente, pues tendrás que cambiarlo en tu configuración (y si usas phpmydmin tambien, ya que en localhost no habrá nada)