Pues no seria cuestion de agregar simplemente la linea de la fecha, es decir;
Código PHP:
$Q="UPDATE clock SET punchDesc='".addslashes($value)."',
punchIn='".$pt."',
rate='".floatval($rate[$key])."',
fecha='".$fecha[$key]."',
WHERE id='".intval($key)."'
AND user_id='$_SESSION[id]' LIMIT 1";
Saludillos.