tree way handshake

[SecurityNetwork]

Tengo una super duda.
Estoy haciendo una aplicacion de envio de bits secretos en paquetes de red tcp/ip

Lo que tengo es:
Un sniffer del lado del emisor que toma paquetes de la red
les cambia valores a algunos campos
e inyecta el paquete modificado a la red con una direccion IP cambiada para que le llegue a un nuevo host destino

Del lado del receptor ejecuto un sniffer que captura esos paquetes que vienen del emisor para luego desempaquetar la informacion filtrada y fnalmente recuperar el texto que se quiso enviar.

Mi duda es con respecto a la negociacion inicial, ya que no la programe en mi aplicacion. Estos tres pasos iniciales estan intrinsecos en el protocolo TCP-IP o lo debi programar? Por favor, no me queda claro!!!