Me parece que estas enfocandolo mal, porque php con javascript se puede mezclar solo en la carga de la pagina y no de manera "interactiva", con esto quiero decir que al seleccionar el primer select, el segundo no ira a buscar sus datos a la base de datos si lo haces de esa manera.
Busca informacion sobre "Remote Scripting" que es una opcion de ir a buscar datos desde javascript a un archivo php para que se llene de datos tu nuevo select.
Suerte
