Ve tu php.ini y anda a max_execution_time ese rango deben ser 30 segs o algo asi... eso lo puedes cambiar para que tus scripts duren mas en ejecucion.
Tambien puedes hacerlo en tu misma pagina con
ini_set() para no dejar que todo el sitio pueda ejecutarse X tiempo, revisa que parametros darle a esta funcion y nos comentas como te fue.
Suerte
