Es una sentencia de control de flujo dentro de procedimientos almacenados, no se puede usar directamente en una consulta. En su lugar se debe usar la función IF() que realiza el mismo trabajo.
El uso es:
Cita: IF( condicion, Valor-true, valor-false)
Usando uno de tus ejemplos:
Cita: IF(docTramitadoID <> 0, tramite.tramite_ID, docTramitadoID)
En el caso punntual de tu ejemplo, yo usaría la función CASE y no IF