hola usa esto \n o asi \r\n
que quede algo asi
Código PHP:
$DescriptorFichero = fopen("fichero_prueba.txt","w");
$string1 = "Esta es la primera línea de texto";
fputs($DescriptorFichero,$string1,"\n");
$string2 = "Y esta es la segunda línea de texto";
fputs($DescriptorFichero,$string2);
fclose($DescriptorFichero);