Como te comente, el orden de las llaves y punto y coma es importante, de lo contrario falla como lo tienes. Te invito a que leas un tutorial de PHP básico para que sepas como se estructura el código.
Adicionalmente te comento que pruebes este código:
Código PHP:
<?php
$CrgDependencia = mssql_query("SELECT depe_codi, depe_nomb, tipo FROM dependencia ORDER BY depe_nomb ASC");
if( mssql_num_rows( $CrgDependencia ) <= 0 ) {
die( "No hay resultados!" );
} else {
while ( $DatDependencia = mssql_fetch_array($CrgDependencia) ) {
?>
if (xCiu == <?php echo $DatDependencia["tipo"]; ?>) {
o = document.createElement("OPTION");
o.text = '<?php echo $DatDependencia["depe_nomb"]; ?>';
o.value = '<?php echo $DatDependencia["depe_codi"]; ?>';
document.forms.Search.s_RADI_DEPE_ACTU.options.add (o);
}
<?php
}
}
mssql_free_result($CrgDependencia);
?>
Saludos.