Contar varias columnas en un Select con Php

[pragone]

Prueba así si quieres (aunque yo quitaría el left join... pero es cuestión de cuánto performance necesites)

SELECT c.id AS id_proyecto,
a.estado AS estado,
count(*) AS cantidad,
FROM jos_proyectos AS c
LEFT JOIN jos_estados AS a ON a.id = c.estado
GROUP BY c.estado
ORDER BY a.id

El problema "conceptual" es que quieres conseguir la información en dos columnas... esto te lo devuelve en fila por estado y proyecto.
Si realmente necesitas que haya una columna por estado, entonces usa el IF
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/control-flow-functions.html