Cualquier buscador indexará el documento (en algún u otro momento).
Y cuando aparezca en los resultados de búsqueda, los usuarios visitarán a ese documento; desconociendo que por otra vía es una página insertada dentro de otra.
Este es uno de los mayores inconvenientes que presentan los marcos, sean flotantes (como tu caso) o no.
Finalmente, ya que el post está en el foro de
Accesibilidad, te comento que su uso presenta varias barreras a la accesibilidad; por lo cual su uso no es recomendado.
Saludos!