Problemas con clone

[sitosc]

Buenas a tod@s, tengo un problema con un programa de java y no se como solucionarlo, espero que podais echarme una mano.
Tengo una clase llamada Nodo, que contiene entre otras cosas un objeto de otra clase llamado ListaCaracteres (esta clase sirve para manejar un ArrayList).
Mi trabajo consiste en montar un arbol y lo que hago es ir creando nodos en funcion de unos datos que tengo. Si tengo que crear el nodo raiz, pues le paso los datos y le paso una copia de esta ListaCaracteres. Si luego utilizo un bucle for para añadirle el resto (modificando datos), cuando modifico la clase ListaCaracteres y se lo añado, me modifica todos los objetos de todos los nodos, y eso no quiero que ocurra.
He probado implementando en la clase ListaCaracteres la interfaz Cloneable y creando copias del objeto antes de trabajar con el, pero sigue modificandome todos los objetos que estan dentro del bucle y luego los externos.

Si alguien pudiera ayudarme, se lo agradeceria porque estoy ya algo agobiao y no se por donde meterle mano.

Gracias de antemano, aunque solo sea por leer esto,jeje.
Un saludo.