Ya lo logre.
Estoy usando PHP, con el genero la lista de archivos. Teniendo en cuenta que $file es el nombre del archivo y $dir es el directorio, el vinculo queda asi:
Código:
<a href=\"./$dir/$file\" onClick='window.opener.document.nota.imagen.value=\"$file\"'>$file </a>
es el
nombre del formulario e
imagen el
nombre del campo.