Problemas con clone

[TolaWare]

Me parece que le problema surge porque no estas pasando copias del objeto, sino mas bien estás pasando la referencia del objeto ListaCaracteres. Es por esto que cuando modificas en algún lugar este objeto, se modifica en todos lados ya que en todos lados tiene el mismo objeto.

Quizás viendo la parte relevante de las clases te podríamos ayudar.